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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
26/12/2018 |
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Data da última atualização: |
24/01/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CARVALHO, V. P.; SANT'ANNA, I. C.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; CRUZ, C. D.; ARBEX, W. A.; OLIVEIRA, F. C.; SILVA, F. F. |
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Afiliação: |
V. P. CARVALHO; I. C. SANT'ANNA; M. NASCIMENTO; A. C. C. NASCIMENTO; C. D. CRUZ; WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL; F. C. OLIVEIRA; F. F. SILVA. |
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Título: |
Support vector machines applied to the genetic classification problem of hybrid populations with high degrees of similarity. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 17, n. 4, gmr18122, 2018. |
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Páginas: |
10 p. |
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DOI: |
10.4238/gmr18122 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
ABSTRACT Selection of appropriate genitors in breeding programs increases gains due to the variability found in the divergent groups; this allows quantification of the existing variability, saving time and resources. There are many methods for quantification and evaluation of diversity in population studies, among which we highlight methods that are based on multivariate statistical analyses, such as linear discriminant analysis (LDA) and cluster analysis. Here we propose and evaluate the use of Support Vector machine (SVM) and Artificial Neural Network (ANN) in an attempt to solve the problem of genetic classification of hybrid populations with high degrees of similarity. The results obtained, in terms of the apparent error rate (APER), were compared with those obtained using ANN analysis and LDA. In general, the lowest APER values were associated with scenarios with low degrees of genetic similarity between populations. Specifically, the best results obtained through SVM (ranging from 14.44 to 67.41%) were observed when the exponential radial base kernel function was used. The APERs obtained by the ANN were even lower than those of the linear discriminant function. |
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Palavras-Chave: |
Computational Intelligence; Multivariate approach. |
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Thesaurus Nal: |
Breeding. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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001 2102505
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260 $c2018
300 $a10 p.
520 $aABSTRACT Selection of appropriate genitors in breeding programs increases gains due to the variability found in the divergent groups; this allows quantification of the existing variability, saving time and resources. There are many methods for quantification and evaluation of diversity in population studies, among which we highlight methods that are based on multivariate statistical analyses, such as linear discriminant analysis (LDA) and cluster analysis. Here we propose and evaluate the use of Support Vector machine (SVM) and Artificial Neural Network (ANN) in an attempt to solve the problem of genetic classification of hybrid populations with high degrees of similarity. The results obtained, in terms of the apparent error rate (APER), were compared with those obtained using ANN analysis and LDA. In general, the lowest APER values were associated with scenarios with low degrees of genetic similarity between populations. Specifically, the best results obtained through SVM (ranging from 14.44 to 67.41%) were observed when the exponential radial base kernel function was used. The APERs obtained by the ANN were even lower than those of the linear discriminant function.
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700 1 $aSILVA, F. F.
773 $tGenetics and Molecular Research$gv. 17, n. 4, gmr18122, 2018.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 30 | |
| 2. |  | NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; SAFADI, T.; NASCIMENTO, A. C. C.; FERREIRA, R. de P.; CRUZ, C. D. Abordagem bayesiana para avaliação da adaptabilidade e estabilidade de genótipos de alfafa. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 46, n. 1, p. 26-32, jan. 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 3. | | NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; CIRILLO, M. A.; FERREIRA, A.; PETERNELLI, L. A.; FERREIRA, R. de P. Association between responses obtained using adaptability and stability methods in alfalfa. Semina: Ciências Agrárias, Londrina, v. 34, n. 6, p. 2545-2554, nov./dez. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 5. | | NASCIMENTO, N; FERREIRA, A.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; FERREIRA, R. de P.; CRUZ, C. D. Multiple centroid method to evaluate the adaptability of alfalfa genotypes. Revista Ceres, Viçosa, v. 62, n. 1, p. 030-036, jan/fev, 2015| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 7. | | OLIVEIRA, G. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; NASCIMENTO, M.; SANT'ANNA, I. de C.; ROMERO, J. V.; AZEVEDO, C. F.; BHERING, L. L.; CAIXETA, E. T. Quantile regression in genomic selection for oligogenic traits in autogamous plants: a simulation study. Plos One, v. 16, n. 1, e0243666, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 8. | | NASCIMENTO, M.; ROCHA, G. S. da; PINTO, D. S.; BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, A. C. C.; FERREIRA, R. de P.; SILVA, F. F. e. Correlação de Spearman aplicada ao estudo de adaptabilidade e estabilidade em genótipos de alfafa. Investigacion Agrária, v. 15, n. 2, p. 83-90, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 9. | | COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. A comparison of regression methods based on dimensional reduction for genomic prediction. Genetics and Molecular Research, v. 20, n. 2, p. 1-15, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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| 10. | | BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; FONSECA, F. F. e; CRUZ, C. D.; BHERING, L. L.; FERREIRA, R. de P. Metodologia para análise de adaptabilidade e estabilidade por meio de regressão quantílica. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 50, n. 4, p. 290-297, abr. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 11. | | BARROSO, L. M. A.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; CRUZ, C. D.; BHERING, L. L.; FERREIRA, R. de P. Metodologia para análise de adaptabilidade e estabilidade por meio de regressão quantílica. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 50, n. 4, p. 267-290-297, abr. 2015. Título em inglês: Methodology for analysis of adaptability and stability using quantile regression.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 12. | | VOLPATO, L.; ALVES, R. S.; TEODORO, P. E.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; LUDKE, W. H.; SILVA, F. L. da; BORÉM, A. Multi-trait multi-environment models in the genetic selection of segregating soybean progeny. PLoS ONE, v. 14, n. 4, e0215315, Apr. 2019. 22 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 13. | | AZEVEDO, C. F.; CARVALHO, I. R.; NASCIMENTO, M.; SILVA, J. A. G. da; NASCIMENTO, A, C. C.; CRUZ, C. D.; HUTH, C.; ALMEIDA, H. C. F. de. Informative prior distribution applied to linseed for the estimation of genetic parameters using a small sample size. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 57, e02793, 2022. Título em português: Distribuição a priori informativa aplicada à linhaça para estimação de parâmetros genéticos com uso de tamanho amostral reduzido.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 16. | | SUELA, M. M.; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; MOMEN, M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAIXETA, E. T.; MOROTA, G.; NASCIMENTO, M. Genome-wide association study for morphological, physiological, and productive traits in Coffea arabica using structural equation models. Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 3, 2023. 17 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 18. | | COSTA, J. A. da; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, A. C. C. Determination of optimal number of independent components in yield traits in rice. Scientia Agricola, v. 79, n. 6, p. 1-8, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 19. | | OLIVEIRA, G. F.; MIRANDA, T. L. R.; NASCIMENTO, A. C. C.; NASCIMENTO, M.; CAIXETA, E. T.; SILVA, L. de F.; ALKIMIM, E. R.; SILVA, F. L. da. Discrimination of varietal groups and hybrids of coffea canephora species using multivariate analysis. Revista Brasileira de Biometria, v. 39, n. 1, p. 194-201, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
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| 20. | | CARVALHO, V. P.; SANT'ANNA, I. C.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; CRUZ, C. D.; ARBEX, W. A.; OLIVEIRA, F. C.; SILVA, F. F. Support vector machines applied to the genetic classification problem of hybrid populations with high degrees of similarity. Genetics and Molecular Research, v. 17, n. 4, gmr18122, 2018. 10 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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